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而隆武帝的决定，很快就公之于众。
“南京之乱，罪在用人，朕躬难辞其咎，斋戒三日，以为遇难者默。”
隆武帝先自己请罪，然后再说对徐文爵等人的处置。
“魏国公徐文爵，贵为国公，世受国恩，不思为国分忧，反而阻挠国策，暗中鼓动，酿成南京之乱，危及国家，当论死。念及先祖功劳，减等处置，褫夺一切封爵，贬为平民！”
“定远侯邓囿、灵壁侯汤国祚除爵，充军河套！”
“安远侯柳祚昌罪尤其大，为常赦所不原，除爵，抄家，斩！”
“赵之龙身为南京留守，执掌南京兵马，然就任以来，侵占军田，败坏军政，于治军练军无一所长，辜负圣恩，是日之乱，更是藏于营中，坐观时变，其心可诛，其后又贿赂大臣，欲掩盖罪行，蒙骗于朕，罪不可赦，除爵，斩，抄没全部家产，家人流放河套！”
“刘孔昭身为操江提督，和赵之龙同罪，除爵，斩，抄家，家人流放河套！”
“以上所抄没金银，全部用于赔偿当日在南京动乱中死难的将士和无辜的百姓。”
……
圣旨一出，整个京师都为之震动。
虽然在这之前，众人愤慨，御史言官纷纷上疏，要求严惩南京勋臣，原本以为，他们要一斤，陛下最少也要给八两不是？毕竟朝廷一直都有宽待勋臣的惯例，但没有想到，他们要一斤，陛下居然真就给了一斤，对南京勋贵并没有太多的宽容和减免。
爵位最高的徐文爵被贬为了平民，等于十代繁华，毁于一旦，大明再无徐家的世爵了。
幸运的是，他保住了性命。
相比之下，定远侯邓囿、灵壁侯汤国祚，安远侯柳祚昌等人就惨了，原本以为就是一顿板子的事情，想不到最后竟然是流放或者是杀头。
“陛下，不能这样啊，我们是勋臣啊，我们对大明有功啊~~”
但最惨的还属赵之龙和刘孔昭，不但抄家，而且连性命也丢了----就舆论来说，对他们两人的议论也是最多的，人们纷纷说，隆武陛下最怒的也许并不是赵之龙和刘孔昭参与鼓动闹事，而是朝廷将南京京营和水师交给他们，而他们两人却没有交出令隆武陛下满意的答卷，即便隆武陛下派了张家玉张名振这两条鲶鱼到南京，操练精武营，都没有能唤醒他们，也因此，旧怒加上新罪，隆武帝对赵之龙和刘孔昭从重处置，也就不奇怪了。
其他几个参与其事的勋臣，因为罪行较轻，所以没有受到处置，不过却也被严厉的斥责，并要求他们认缴金银，以为赎罪。
南京勋臣本来就不多，经此一次，所剩不过两三家，而且全部被隆武的雷霆手段所震撼，再不敢对朝廷的政策阳奉阴违，暗中阻挠了。
清查军田和摊丁入亩，自从再没有人敢阻拦，在南直隶顺利推行。
……
“冤枉啊~~”
被判处极刑的赵之龙和刘孔昭最为震撼，虽然他们已经有不好的预感，预料到自己的爵位可能不保，但万万没有想到，不但是爵位，连身家性命竟然也是被剥夺了。
因此，狱中的赵之龙和刘孔昭都是大喊冤枉，而令人想不到的是，赵之龙竟然使出了一个救命的绝招，那就是他家中有成祖文皇帝亲赠的“丹书铁券”，而这一次被他携带到了北京，就他好像早就预料此行不妙，因而提前将丹书铁券带在了身边一样。
何谓“丹书铁券”？
丹书：用朱砂写字；铁卷：用铁制的凭证。
简单讲，就是皇帝亲写的免除勋臣后代死罪的圣旨，铁制，世袭传递，主要是笼络勋臣的一种手段，朱元璋在世时，特别喜欢给勋臣们颁发丹书铁券，不过等到他变脸，要清算勋臣之时，那些被勋臣们整日供奉在正堂的“丹书铁券”毫无作用，屁毛都不管。
真正是金杯共汝饮，白刃不相饶。
明末，为了安抚魏忠贤，崇祯皇帝还曾给魏忠贤的侄子魏良卿颁赐过铁券。但魏良卿最后也没有逃过一死。
……
丹书铁券有免死的功能，朱元璋可以不承认自己所写的，崇祯也可以，但后面的皇帝却不行，自己可以反对自己，但儿子却不能反对父亲。
如果赵之龙真拿出了丹书铁券，即便再恨，隆武帝也无法处死他。
赵之龙被关在诏狱，他大喊大叫之后，诏狱锦衣卫立刻将情况上报。
---明制，所有的丹书铁券都是一式两件，一件授予获赐者，另一件藏于内府。在需要查验时，只要将它们放在一起，便可真伪立辨。因此判断赵之龙所说真假一点都不难。
……
这个插曲出乎朱慈烺的意料。
赵之龙的求生欲，倒是强烈的很啊。
判决一出，圣旨以下，赵之龙却忽然拿出了免死的丹书铁券，难道一切要推翻不成？
就心底来说，朱慈烺实在是不想放过这个毫无气节、拱手献城、害江南轻易沦陷的大罪人。
不承认丹书铁券？或者阴谋诡计，派人阻挠，令赵之龙的家人拿不出丹书铁券？
倒也不必。
丹书铁券虽然免死，但却不能免刑。
“那就遂他心愿吧，传旨，因丹书铁券的庇佑，赵之龙改杖六十，流放河套。”
杖六十，可以活人，也可以死人，是死是活，关键就要看刑仗的锦衣卫了。
……
诏狱。
“陛下，陛下~~~臣有罪，臣也愿意伏法，但为什么丹书铁券也不能免啊，为什么啊？”
听到被免死，赵之龙先是大喜，继而听到杖六十，他脸色惨白、一下就瘫软在了地上，他明白，陛下终究是不放过他，终究是要他死啊。
为什么？为什么啊？
……
那一边，刘孔昭在疯狂挣扎，疯了一样的喊：“我是大明的诚意伯，我先祖刘伯温，太祖高皇帝于我祖有誓言，你们不能杀我，不能杀我啊~~求求你们，让我去见陛下一面，我有冤屈啊~~”
——————南明史学大家顾诚先生曾经评价明末勋贵道：明国勋贵主要是开国和靖难之役的功臣后裔，他们仗着祖宗余荫的庇佑，穷奢极侈，一旦国难当头，除了极少部分的人有抵抗意志之外，大部分都是身家之念重于国家，个人生死重于荣辱，屈膝投降也就是势在必然了。
简单讲，大明朝不但养了猪一样的宗室，也养了猪一样的勋贵，大厦将倾，天崩地裂之时，没有一个是管用的。
这不是个人，而是明朝的宗室和勋臣制度出现了大问题。
……
定王之乱时，京师勋贵大半参与，最后都被惩处，南京之乱又几乎将南京勋贵一扫而空，经此两次，南北勋贵大大减少，剩下的勋贵也都警醒，更加注意自己的言行，对朝廷的国策，再没有人敢暗中抗拒和捣乱。
清查军田和摊丁入亩之事，在南直隶顺利推行，连勋贵侯爷们都倒了，杀头的杀头，流放的流放，还有人谁敢不从？
隆武帝微有欣慰。
但萧汉俊和闻香教的阴影，依然盘旋在他的心头。他担心萧汉俊还会有后招……
旅顺金州倒是一直都有好消息传来，在登莱等地招募的第一批流民，已经顺利渡海，到达了旅顺，高斗枢正按计划将他们分置。而金州的防御工事，正在稳定修建中，再有三个月、预期十月份就可以基本完工，在菱堡壕沟，多重火力的阻隔之下，建虏想要攻下金州，几乎是不可能。